مسجد جامع گناباد از جمله مساجد دو ایوانی در ایران با دو ایوان شمالی و جنوبی است و از آنجایی که فقط سه مسجد دو ایوانی در ایران موجود است از این نظر منحصر به فرد به شمار می‌رود. ایوان جنوبی به ایوان قبله معروف و در جهت قبله ساخته شده است. شاهکار معماری که چشم هر گردشگری را خیره می‌کند کتیبه‌های آجری ایوان جنوبی مسجد است. هنگام بازتاب نور بر روی آجرهای عمودی ایوان، نام سه «الله» در کنار یکدیگر مشاهده می‌شود. ارتفاع ایوان بیش از 15 متر است و پی دیوار آن با بیش از سه و نیم متر، فشار طاق‌های جناحی را تحمل می‌کند. ایوان شمالی مسجد با آجر و گچ تزیین شده است، تزیینات این ایوان به شکل حصیرهای مربعی و نوارهای لوزی است این نقش‌ها در ایوان جنوبی نیز وجود دارد. آنچه جالب توجه است اینکه علی رغم پشت سر گذاشتن حوادث و زلزله‌ها توانسته نقوش تاریخی خود را تاکنون حفظ کند.