بر اساس مستندات تاریخی، آن ۱۵ سالی که ابن سینا در اصفهان زندگی می‌کرده در محله‌ای به نام کوی گنبد یا تحت گنبد اقامت داشته و مقبره او نیز احتمالا باید در همین محله باشد و نیز عزالدین بن اثیر در کتاب «الکامل فی التاریخ» معتقد است: ابن‌سینا در شهر اصفهان از دنیا رفته است. دو نقطه از شهر به‌عنوان مقبره ابن‌سینا ذکر شده که اولین مکان همین مدرسه است و جلال‌الدین همایی می‌نویسد: «تا حدود نوزده سال قبل یعنی سنه ۱۳۵۰ ه. ق به‌طوری که نگارنده و سایر اهالی اصفهان به خاطر داریم قبری در وسط بقعه زیر گنبد بود که عامه آن را مرقد ابوعلی سینا می‌گفتند و معلوم نشد که به دست کدام غاصب تبهکار اثر قبر را محو کرد»، و مصلح الدین مهدوی به نقل از قدیمی‌های محله می‌گوید: سال‌ها پیش مزار ابن سینا برای تبدیل شدن این گنبدخانه به زورخانه تخریب شد و از بین رفت است. ظاهراً یکی از اهالی محل سنگ مزار منتسب به ابن‌سینا را به خانه‌اش می‌برد و این گنبدخانه را برای مدتی تبدیل به زورخانه می‌کند.
اما جلال‌الدین همایی مکان دومی را در اصفهان با نام تحت گنبد (مسجد شیخ لطف الله) شناسایی کرده که واقعا به فکر کسی نمی‌رسد! جلال‌الدین همایی نوشته است: «اطراف مسجد شیخ لطف الله را مستوفی‌ها محله تحت گنبد نوشته‌اند... در همین محل مقبره‌ای به اسم ابوعلی سینا در سردابه مجللی بود». همایی این مقبره را در مدرسه‌ای معروف به خواجه ملک واقع در سمت شمال مسجد شیخ لطف الله شناسایی کرده که البته امروزه دیگر، از این مدرسه نشانی باقی نمانده است. او جای دیگری نوشته: «یک روایت دیگر از مشایخ اصفهان شنیدم... به این قرار که در محل حوضخانه و چاه و منبع فعلی مسجد شیخ لطف‌الله که متعلق به مدرسه خواجه‌های قدیم بود و مرحوم حاج آقا جمال الدین مسجد شاهی، امام جماعت مسجد این قسمت را از مدرسه خواجه ها گرفت و برای مسجد شیخ لطف الله حوضخانه و چاه و منبع ساخت...گفتند در این محل چون حفر کردند به سرداب‌های عظیم قدیم برخوردند که در وسط سردابه قبری مجلل با سنگ لوح قدیمی پیدا شد که متعلق به شیخ الرئیس ابوعلی سینا بود و معلوم نشد که آن سنگ لوح را چه کردند. شاید در بنای چاه و منبع و حوضخانه به کار رفته باشد».
در ضلع جنوبی میدان نقش جهان یک امامزاده بسیار قدیمی به نام امامزاده احمد وجود دارد که باقیمانده‌ای از قبرستان باستانی این محله است. قبرستانی به اسم بکتاش که خیلی پیش از صفویه در این مکان وجود داشته. بر اساس روایت‌های تاریخی، این قبرستان به فرمان شاه عباس به دلیل همجواری با مجموعه دولتخانه صفوی تخریب و تبدیل به یکی از محله‌های اعیان نشین صفوی می شود که امروزه به قصر منشی و چهارسو مقصود مشهور است. تنها امامزاده احمد از آن قبرستان بزرگ باقی مانده است. کتیبه ای که متاسفانه از این امامزاده به سرقت رفته، مرمت آن را تا دوره سلجوقیان عقب می‌برد و نشان می‌دهد که قبرستان بکتاش احتمالاً در عصر آل بویه هم وجود داشته و دامنه‌های آن تا نزدیکی مکان فعلی مسجد شیخ لطف الله هم کشیده شده بوده. بنابراین هیچ بعید نیست که مزار ابن سینا از آن روزگار در این محل وجود داشته و مسجد شیخ لطف الله و مدارس اطراف آن روی مقبره حکیم ساخته شده باشد.