در پی گسترش شیوع ویروس کرونا اولین تعطیلی تمام دانشگاه‌ها و مراکز آموزشی استان بر اساس اطلاعیه ستاد ویژه پیشگیری از شیوع ویروس کرونا خراسان رضوی، از ۴ اسفند ماه سال ۱۳۹۸ به مدت یک هفته اعلام شد و پس از آن نیز اطلاعیه‌های دیگری در خصوص تعطیلی دانشگاه منتشر شد که مدت زمان این تعطیلی از یک هفته تاکنون به حدود ۵ ماه رسیده است. پس از تداوم این تعطیلی‌ها دانشجویان خود تصمیم به تخلیه خوابگاه‌ها را گرفتند و پس از تعطیلات پشت سرهم دانشگاه، کلاس‌های تئوری دانشگاه فردوسی تا پایان سال تحصیلی به صورت مجازی برگزار شد. با شروع امتحانات، ترم جدید و واحدهای عملی دانشجویان و استفاده حداقلی از خوابگاه‌ها، دانشگاه طی انتشار اطلاعیه‌ای اعلام به تخلیه خوابگاه‌ها نمود تا برای ترم جدید تعمیرات انجام شود و سم‌پاشی جهت ضدعفونی اتاق‌ها صورت گیرد.
نظرات