پس از اعلام شیوع ویروس کرونا در کشور از سوی وزارت بهداشت، بیمارستان امام حسین(ع) در لیست بیمارستان های رسیدگی به این بیماری قرار گرفته و به حالت آماده باش درآمده و اکنون بخشی از فعالیت های درمانی خود را به بیماران مشکوک به ویروس کرونا اختصاص داده است تا پس از درمان به جمع خانواده‌ بپیوندند. اکنون بیمارستان امام حسین(ع) به عنوان بیمارستان تخصصی کودکان، خط مقدم مبارزه با کرونا در اصفهان است. مرکز آموزشی درمانی کودکان حضرت امام حسین(ع) اصفهان با میانگین ماهیانه ۲۸ هزار مراجعه کننده و پذیرش کودکان بیمار در زمینه گوارش، مغز و اعصاب، ریه، عفونی، کلیه با حضور پزشکان متخصص و فوق تخصص است.