مشکلات ایمنی و آتش‌نشانی، بدهکاری میلیاردی بیمه‌ها، کمبود نیرو، بدهکاری بیمارستان به شرکت‌های تجهیزات پزشکی و ... این روزها فصل مشترک چالش‌های اکثر بیمارستان‌های قدیمی کشور از جمله بیمارستان لقمان است. البته این مشکلات هنوز نتوانسته سبب توقف در ارائه خدمات این مرکز درمانی شود اما به اذعان مدیریت فعلی آن، لازم است تا توجه ویژه‌تری به این بیمارستان شود.