اردیبهشت ۱۳۹۴، از سوی رهبر انقلاب تاکید شد که «همه کودکان افغانستانی، چه آنها که دارای شرایط قانونی حضور در ایران هستند و چه آنها که مدارک قانونی حضور در ایران را ندارد باید در مدارس دولتی ثبت‌نام شوند.» پیرو این حکم، وزارت آموزش و پرورش پیگیری ثبت‌نام دانش‌آموزان مهاجر را در اولویت قرار داد و تاکید کرده که کودکان بازمانده از تحصیل به این وزارتخانه معرفی شوند. با وجود همه این اقدامات، هنوز بسیاری از دانش‌آموزان مهاجر با موانع زیادی برای ورود به مدارس دولتی روبرو هستند.