به گزارش ایسنا، دوهفته‌نامه «رو به رو» با این مقدمه درباره آغاز کار قرارگاه «خاتم‌الانبیا» نوشت: «قرارگاه کربلا نقطه آغاز ماجرای قرارگاه مرکزی خاتم‌الانبیا است؛ قرارگاهی که عملیات آزادسازی خرمشهر طی 20 روز در آن طراحی، بررسی و در نهایت تصویب شد. عملیاتی که هم ارتش و هم سپاه برای طرح‌ریزی و برنامه‌ریزی آن حضور داشتند. شاید انجام این عملیات به سرانجام خوش آن روزهای جنگ منتهی شد اما اختلاف‌ها درباره ادامه جنگ تداوم داشت؛ همان چیزی که هم در خاطرات آیت‌الله هاشمی رفسنجانی دیده می‌شود و هم در خاطرات محسن رضایی.
بنا به روایتی این قرارگاه در سال‌های آغاز به قرارگاه مشترکی برای حل و فصل این اختلافات مبدل شد. اندکی بعد در آستانه عملیات والفجر مقدماتی، سپاه پاسداران دست به تشکیل قرارگاه خاتم‌الانبیا زد که در نهایت این قرارگاه به عنوان قرارگاه مشترک و البته بالادستی دو گروه نیروهای مسلح (سپاه و ارتش) مطرح شد. در ابتدا آیت‌الله خامنه‌ای به عنوان رئیس شورای عالی دفاع و رئیس‌جمهوری، مسئولیت قرارگاه را بر عهده داشت. بعد از آن و یک ماه مانده تا عملیات خیبر در سال 62 آیت‌الله هاشمی رفسنجانی به عنوان جانشین فرمانده کل قوا مسئول قرارگاه خاتم شد.
سایت اسناد دفاع مقدس هم ماجرای شکل‌گیری قرارگاه مرکزی خاتم‌الانبیا را این گونه عنوان کرده است: «پس از تشکیل قرارگاه مرکزی کربلا در ابتدای جنگ که وظیفه آن انجام عملیات مشترک سپاه و ارتش بود، با گسترش سازمان سپاه در عملیات خیبر مسئولان نظامی تصمیم گرفتند تا کل نیروهای سپاه تحت امر قرارگاه عملیاتی نجف و کل نیروهای ارتش تحت امر قرارگاه عملیاتی کربلا سازماندهی شوند و قرارگاه مرکزی خاتم‌الانبیا وظیفه هماهنگی و هدایت این دو قرارگاه را بر عهده گیرد. این سازماندهی (تفکیک کامل نیروهای رزمی ارتش و سپاه در یک عملیات) فقط در عملیات خیبر انجام گرفت و سپس در عملیات بعدی مجدداً روش سازماندهی تغییر یافت. قرارگاه مرکزی خاتم‌الانبیا فرماندهی تمام واحدهای رزمی و پشتیبانی رزم نیروهای مسلح اعم از سپاه، ارتش، ژاندارمری، کمیته‌های انقلاب و جهاد سازندگی را بر عهده گرفت و قرارگاه‌های تابعه نقش سپاه‌های عملیاتی (رده بالاتر از لشکر) را ایفا کردند.»
محسن رضایی در روایتی از تشکیل قرارگاه مشترک در خاطرات خود می‌نویسد: «زمستان ۱۳۶۲ حضرت امام (خمینی (ره)) آقای هاشمی رفسنجانی را به عنوان فرمانده جنگ تعیین کردند. هاشمی در این تاریخ در قرارگاه کربلا حاضر شده و از این سال است که قرارگاه کربلا به قرارگاه خاتم‌الانبیا تبدیل شد.»
این قرارگاه همان قرارگاهی است که هاشمی رفسنجانی پیشنهاد اتمام جنگ را در آن با فرماندهان حاضر مطرح می‌کند و البته با مخالفت روبه‌رو می‌شود. آن طور که خود او توصیف می‌کند، مسئله مهم برای بسیاری از رزمندگان ادامه جنگ بوده است. او در کتاب خاطرات خود می‌نویسد: «برای نخستین بار بحث مهمی را با آنها در میان گذاشتم که عکس‌العمل‌های متفاوتی داشت. بعضی پسندیدند و بعضی نپسندیدند. گفتم نظر من و بعضی مسئولان رده‌بالای نظام این است که اگر یک عملیات موفق در داخل خاک عراق انجام دهیم و منطقه‌ای از دشمن را تصرف کنیم که با آن بشود بعد از - پذیرش - آتش‌بس بر عراق فشار آوریم و حقمان را بگیریم، باید با آتش‌بس موافقت شود. این منطقه می‌تواند همان باشد و چون هنوز چیزی در دست نداریم، مناسب نیست ولی اگر این هدف تأمین شود، قابل طرح با امام است. آنها که مخالف بودند، گفتند شعار «جنگ جنگ تا پیروزی» یا «جنگ جنگ تا رفع فتنه از جهان» تبدیل به «جنگ جنگ تا یک پیروزی» شده و گفتند اظهار این نظر ممکن است باعث دلسردی رزمندگان شود که برای رسیدن به کربلا و قدس می‌جنگند. موافقان هم خوشحال شدند. آن گونه که انتظار داشتم، عنوان ختم جنگ مقبول نیفتاد. معلوم می‌شود مسئله مهم برای بسیاری از رزمندگان ادامه جنگ است و همه چیز هم همین را نشان می‌دهد. شاید به همین جهت امام (ره) موافق طرح ختم جنگ نیستند و اگر در قلبشان هم قبول داشته باشند، بر زبان نمی‌آورند.»
همه این شرایط ایجاد قرارگاه خاتم‌الانبیا در سال 62 را به دنبال داشت و قرارگاه مرکزی خاتم‌الانبیا به بالاترین رده تصمیم گیرنده عملیاتی در جنگ ایران و عراق تبدیل شد. در ابتدا آیت‌الله خامنه‌ای به عنوان رئیس‌جمهور و رئیس شورایعالی دفاع، فرماندهی و هدایت این قرارگاه را بر عهده گرفتند اما یک ماه قبل از آغاز عملیات خیبر (عملیاتی تهاجمی از سوی ایران که در اسفند 62 در محل نیزارهای هورالعظیم عراق صورت گرفت) در سال 62، هاشمی رفسنجانی در مقام جانشین فرمانده کل قوا، مسئول قرارگاه خاتم شد و عملاً فرماندهی جنگ را بر عهده گرفت.
بعد از شکل‌گیری و فعالیت رسمی قرارگاه مرکزی خاتم‌الانبیا در میانه جنگ این قرارگاه گسترده شد. قرارگاه سازندگی خاتم‌الانبیا و قرارگاه پدافند هوایی خاتم‌الانبیا دو بازوی اجرایی آن هستند.
از قرارگاه مرکزی خاتم‌الانبیا اطلاعات دقیقی در دسترس نیست؛ قرارگاهی که حتی فضای تشکیل ستاد فرماندهی کل قوا را فراهم کرد که این ستاد در سال 70 نام خود را به ستاد کل نیروهای مسلح تغییر داد.
فرماندهی قرارگاه مرکزی خاتم‌الانبیا به تازگی به سرلشکر غلامعلی رشید، از فرماندهان سپاه پاسداران و جانشینی آن به سرلشکر حسین حسنی سعدی، فرمانده سابق نیروی زمینی ارتش سپرده شد. البته رشید سال‌ها جانشین آیت‌الله العظمی خامنه‌ای در این قرارگاه بوده است. غلامعلی رشید، با نام اصلی غلامعلی رشیدعلینور پیش از این جانشین رئیس ستاد کل نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران بود. او همزمان معاون امور دفاعی دبیرخانه شورایعالی امنیت ملی نیز هست. او که از هم‌رزمان یحیی رحیم‌صفوی، محسن رضایی و علی شمخانی در دوران جنگ بوده است، مسئولیت‌هایی مانند مسئول اطلاعات و عملیات سپاه دزفول، جانشین ستاد عملیات جنوب و فرمانده قرارگاه فتح در عملیات بیت‌المقدس را بر عهده داشته است اما جانشین او از ارتشی‌هایی است که در ستاد کل نیروهای مسلح مسئولیت معاونت هماهنگ کننده را بر عهده دارد.»
انتهای پیام