نگاه مرجعیت شیعه بعد از شهریور 1320 به بهائیت نیز یک نگاه دین‌مدارانه بود. از آن جهت مخالف بودند که آنها را یک گروه بدعت‌گذار و دین‌ساز می‌دانستند که مکتب آنها بر هیچ بنیاد دینی و کتاب آسمانی بنیان نیافته بود.
افزون بر وابستگی آنها به بیگانگان و قدرتمند شدن تدریجی آنها در ایران، بیم آن می‌رفت که بر مؤمنان سلطه یابند؛ لذا روحانیت در همه حال با بابیت و بهائیت مخالف بود، ولی به دلیل فعالیت زیاد بهائیت بعد از دهه‌ی 1320، مخالفت روحانیت نیز مضاعف گردید.
به گزارش ایسنا، این بخشی از یادداشت حجت‌الاسلام روح‌الله حسینیان رئیس مرکز اسناد انقلاب اسلامی است که متن کامل آن را در زیر می‌خوانید:
روحانیت و مرجعیت شیعه در طول تاریخ به مسائل و حوادث، اشخاص، فرقه‌ها، احزاب، و ملل و نحل مختلف با نگاهی دینی و موضعی از جایگاه مذهب نگریسته است. حتی در مبارزات ضد استعماری علما، هیچ‌گاه احساسات ناسیونالیستی دخالتی نداشته است. استعمار را از آن جهت خبیث و شیطانی می‌دانستند که عینیت سلطه‌ی کفار بر مؤمنان بود. با استبداد به آن جهت به مبارزه برمی‌خاستند که غاصب است و احترام جان و مال مؤمنان را پاس نمی‌دارد. در انقلاب مشروطه، مراجع نجف از آن جهت حمایت کردند که مشروطه را قدرتی می‌پنداشتند که فاصله‌ی کمتری با حاکمیت دینی، نسبت به استبداد داشت و امید داشتند که مشروطه بتواند مجری احکام معطل مانده‌ی اسلام شود. در جنگ ایران و روس به‌آن جهت شرکت کردند که سلطه‌ی کفّار را از مؤمنان بزدایند و با قرارداد رژی نیز از آن جهت مخالفت کردند که کفّار بر مؤمنان سلطه‌ی اقتصادی نیابند.
نگاه مرجعیت شیعه بعد از شهریور 1320 به بهائیت نیز یک نگاه دین‌مدارانه بود. از آن جهت مخالف بودند که آنها را یک گروه بدعت‌گذار و دین‌ساز می‌دانستند که مکتب آنها بر هیچ بنیاد دینی و کتاب آسمانی بنیان نیافته بود. افزون بر وابستگی آنها به بیگانگان و قدرتمند شدن تدریجی آنها در ایران، بیم آن می‌رفت که بر مؤمنان سلطه یابند؛ لذا روحانیت در همه حال با بابیت و بهائیت مخالف بود، ولی به دلیل فعالیت زیاد بهائیت بعد از دهه‌ی 1320، مخالفت روحانیت نیز مضاعف گردید.
طبق اسناد موجود سال 1322 ش مطابق با سده‌ی اول بهائیت بود. در کتاب‌های بهائیان پیش‌بینی شده بود که پایان قرن اول بهائیان، پیروزی آنان آغاز خواهد شد؛ لذا محافل بهائیان، فعالیت و تبلیغات خود را به سر حد امکان رساندند. در یکی از دستورات شوقی‌افندی رهبر بهائیان آمده بود: « قبل از انقضای قرن اوّل تکثیر مراکز و محافل در مدن و قرای در هر یک از ایالات، مهدامرالله است. مساعی فوری و مستمر، منظم و دلیرانه ضروری، ملاء اعلی برای تضمین فتح و ظفر مهیا. احباء فتوحات باهره را به کمال اشتیاق منتظرم». به‌دنبال این دستور از رهبری بهائیان در عکاء اسرائیل، محفل بهائیان در ایران بخشنامه‌ای را در تاریخ چهاردهم تیرماه 1322 مطابق با سیزدهم شهرالرحمه سال صدم بهائیان صادر و به محافل بهاییان اعلام کرد که:
«برای وصول به سر منزل مقصود باید در این چند ماه محدود که از آخرین سال قرن اوّل دوره‌ی بهائی باقی مانده به همتی بی‌نظیر و فعالیتی بی‌مثیل مراحل باقیه را بپیمایند و در این سبیل بی‌نهایت جدیت و مداومت نمایند تا دستور مطاع مقدس به نحو اکمل و اتم اجرا و تنفیذ گردد».(1)
به دنبال این فرامین، فعالیت بهائیان در نفوذ به ادارات دولتی، ساختن محفل و تبلیغ و تظاهرات به شدت گسترش یافت.
گستاخی بهائیان به جایی رسید که در شب نیمه‌ی شعبان 1323 یکی از شیعیان را در شاهرود به قتل رساندند. موضوع تحت پیگرد قرار گرفت و دادسرای شاهرود پرونده‌ای تشکیل و شروع به رسیدگی کرد. در این پرونده، گزارشی از رئیس شهربانی به فرمانداری شاهرود ثبت شده که نشانگر نفوذ و گستاخی بهائیان است. در این گزارش آمده است:
«1 آقای نادری رئیس اداره‌ی دخانیات 2 آقای رهبانی رئیس (اداره‌ی) غله و خواروبار 3 قبادی کارمند راه‌آهن 4 آقای جذبانی کارمند پست و تلگراف 5 آقای‌شیدایی کارمند راه شوسه و آقایان خورشیدی و آقازاده کارمندان اداره‌ی فرهنگ و بعضی از مأمورین دولتی که به طور مرخصی و به مقصود تبلیغات به شاهرود وارد، مدتی توقف و بعداً به محل مأموریت عزیمت نموده و بر تشکیل انجمن‌های سری و محرمانه مبادرت و به طور سکرت پیشرفت مقاصد منویات خود را ادامه، تا اینکه اخیراً به‌طریق تجاسر عملیات خود را پیگرد و حتی در شب سوم شعبان (شب تولد خامس آل عبا) دوم مرداد 23، ولی سبحانی سنگسری مقیم شاهرود در خیابان تهران به‌طور علنی به مذهب مقدس اسلام هتاکی...اقدامات بی‌رویه‌ی آنان موجب هیجان و عصبانیت همگی را فراهم...»(2)
یکی از اقدامات زشت بهائیان، واقعه‌ی 13/10/1328 ابرقو بود. در این واقعه، چند نفر بهائی به خانه‌ی زنی شیعی که روی اعتقادات خود پای می‌فشرد، شبانه حمله می‌کنند و شش نفر را به‌طرز فجیعی به قتل می‌رسانند. طبق کیفر خواست پرونده، اسامی این شش نفر عبارت است از:1 صغرا 50 ساله و پنج نفر از فرزندان او به نامهای 2 معصومه 15 ساله 3 خدیجه 11 ساله 4 بی‌بی 8 ساله، 5 علی‌اکبر 14 ساله 6 حسین 6 ساله. جرم این زن این بوده که به «بهائی‌ها فحاشی و به طوری در این قسمت متعصب بود که در مساجد و مجامع عمومی که وعاظ مشغول وعظ بودند در پای منبر با صدای بلند فریاد می‌کرد، که به عباس افندی و سران بهائی لعن کنید».(3)
شاهدان عینی از گستاخی‌های بهاییان داستان‌هایی را نقل می‌کنند که روحیه‌ی تهاجمی بهاییان را نشان می‌دهد. حجت‌الاسلام ارسنجانی که در رمضان سال 1329 برای تبلیغ به سروستان فارس رفته بود، نقل می‌کنند که بهائیان حتی چاه حمام مسجد محل را پر کردند و به حمام زنانه هجوم و زن کدخدا را لخت از حمام بیرون آوردند.(4)
مبلغین بهائی، آزادانه به شهرها و روستاها می‌رفتند و علناً مردم مسلمان را به کیش بهائیت‌دعوت می‌کردند. آنان سعی می‌کردند از زنان زیبا برای تبلیغ استفاده کنند که بتوانند جوانان را بیشتر جذب کنند.
اقدامات دکتر برجیس بهائی در کاشان در بی‌احترامی به قرآن و هتک ناموس مردم و تبلیغ بهائی‌گری در آن سال‌ها داستانی افسانه‌ای شده بود.
بهائی‌ها در سرتاسر کشور، ساختمان‌هایی را به‌نام محفل تأسیس کرده بودند و عده‌ای از مردم ساده‌لوح را دور خود جمع کرده و به اصطلاح آنها را بهائی کرده بودند. در تهران نیز، مرکزی بزرگ به‌نام حظیره‌القدس داشتند که دارای گنبد و تالاری بزرگ بود. بهائیان چنان در بدنه‌ی حکومت نفوذ کرده بودند که حتی پزشک مخصوص شاه، فردی بهائی به‌نام دکتر ایادی بود. فردوست، یار شاه، در مورد ایادی می‌گوید: «می‌توان کتابی نوشت که آیا ایادی بهائی برایران سلطنت می‌کرد یا محمدرضا پهلوی؟ تمام ایرانیان رده‌ی بالا چه در ایران باشند و چه درخارج، خواهند پذیرفت که سلطان واقعی ایران ایادی بود... در زمان حاکمیت ایادی بود که بهائی‌ها در مشاغل مهم قرار گرفتند و در ایران بهائی بیکار وجود نداشت».(5)
به هر حال رفتار گستاخانه‌ی بهائیان، تبلیغ و ترویج بهائیت بین مسلمانان، نفوذ و گسترش آنها بین سازمان‌های دولتی، موجی از حساسیت و مخالفت را بین مردم ایران برانگیخت و مردم با ارسال «طومارهای مفصل و بسیار»(6) از شهرهای مختلف به آیت‌اللّه بروجردی پناه آوردند. به گفته‌ی مرحوم فلسفی «آیت‌اللّه بروجردی در یک فشار شدید افکار عمومی واقع شده بود. مرتباً از ولایات، نامه می‌آمد که مثلاً فرماندار اینجا بهائی است و یا رئیس فلان اداره بهائی است و چه‌ها که نمی‌کند».(7)
آیت‌اللّه بروجردی خود در هنگامی که در بروجرد بودند، شاهد نفوذ و جسارت بهائیان بوده‌اند. «فرقه‌ی ضاله‌ی بهائیت فعالیت‌های خود را در بروجرد و به‌خصوص در ادارات دولتی تشدید کرده بودند.» گستاخی به جایی رسید که «یکی از مدارس دینی شهر را تخریب و به جای آن دبیرستانی بنا نهادند». آیت‌اللّه بروجردی از راه‌های قانونی برای جلوگیری از اقدامات آنها هر چه تلاش کرد، موفق نشد تا اینکه «به‌عنوان اعتراض به این امر از شهر خارج شدند. خبر عزیمت ایشان در اندک مدتی مردم شهر و نواحی اطراف را به تظاهرات و اجتماع در تلگرافخانه واداشت». تا اینکه دولت «احساس خطر نموده و سعی در مراجعت ایشان به شهر می‌نماید» و دست به انتقال بهائیان از ادارات شهر می‌زند.(8)
به هر حال فشارهای روزافزون مردمی باعث شد تا آیت‌اللّه بروجردی دست به اقدام شود.ابتدا روحانیون را برای خنثی‌سازی تبلیغات بهائی‌ها به محل فعالیت‌های تبلیغاتی آنها می‌فرستادند و هم زمان برای جلوگیری از اقدامات خشونت‌آمیز بهائیان، طبق روش سیاسی خود به دولت‌های وقت متوسل می‌شدند. در ابتدا آیت‌اللّه با ارسال نامهای از آقای فلسفی می‌خواهند که موضوع را به نخست‌وزیر (رزم‌آرا) تذکر دهند. آیت‌اللّه در این نامه نوشتند:
«... چند روز است که از اطراف به وسیله‌ی مکاتبه و تلگرافات به من شکایات از فرقه‌ی ضاله‌ی بهائیه می‌کنند.از جمله مکتوبی است که از اطراف کرمان رسید، و تلگرافی است که از الیگودرز مخابره... چنین‌معلوم می‌شود که بخشدار و سایر رؤسای ادارات از فرقه‌ی ضاله‌ی بهائیه حمایت می‌کنند...خواهشمند است جنابعالی جناب اشرف آقای نخست‌وزیر را ملاقات کنید و مطلب را به ایشان برسانید که هر چه زودتر قضیه را خاتمه دهند که منجر به نزاع و مقابله و خونریزی نشود».(9)
تذکر آیت‌اللّه بروجردی به رزم‌آرا اثر نکرد. پس از نخست‌وزیری مصدق، آیت‌اللّه به آقای فلسفی مأموریت دادند تا با مصدق درباره‌ی فعالیت بهائیان صحبت کند. آقای فلسفی نزد مصدق رفت و پیام آیت‌اللّه را ابلاغ کرد و گفت: «شما رئیس دولت اسلامی ایران هستید و الان بهائی‌ها در شهرستان‌ها فعال هستند و مشکلاتی را برای مردم مسلمان ایجاد کرده‌اند، لذا مرتباً نامه‌هایی از آنان به عنوان شکایت به آیت‌اللّه بروجردی می‌رسد. ایشان لازم دانستند که شما دراین باره اقدامی بفرمایید». دکتر مصدق «به‌گونه‌ای تمسخرآمیزی، قاه‌قاه و با صدای بلند خندید و گفت: آقای فلسفی از نظر من مسلمان و بهائی فرقی ندارند، همه از یک ملت و ایرانی هستند».(10)
نظر آیت‌اللّه بروجردی همچنان مورد بی‌اعتنایی دولت‌ها قرار می‌گرفت تا اینکه اخبار نگران‌کننده‌ای به آیت‌اللّه رسید. وی بعد از رمضان سال 1333، نامهای به آقای فلسفی نوشت تا شاه را ملاقات و با وی مذاکره نماید. آیت‌اللّه در این نامه نوشتند: «به عرض عالی می‌رساند چندی قبل از آبادان مکتوبی از بعضی وکلای حقیر رسیده بود و اظهار داشته بودند که تقریباً اداره‌ی امور نفت آبادان با فرقه‌ی بهائیه شده... نمی‌دانم اوضاع ایران به کجا منجر خواهد شد؟ مثل آنکه اولیای امور در ایران در خواب عمیقی فرورفته‌اند... شاید بشود در موقعی بعضی‌اولیای امور را بیدار کنید و متنبه کنید که قضایای این فرقه کوچک نیست. عاقبت امور ایران را از این فرقه، حقیر، خیلی وخیم می‌بینم. به اندازه‌ای اینها در ادارات دولتی راه دارند و مسلط بر امور هستند که دادگستری جرأت اینکه یک نفر از اینها را که ثابت شده است قاتل بودن او در ابرقو، پنج مسلمان بی‌گناه را، مجازات نمایند... به هر تقدیر اگر صلاح دانستید از دربار وقت بخواهید و مطالب را به عرض اعلیحضرت همایونی برسانید اگرچه گمان ندارم اندک فایده‌ای مترتب شود. به کلی حقیر از اصلاحات این مملکت مأیوس هستم».(11)
به هر حال، هیچ‌یک از اقدامات آیت‌اللّه بروجردی مؤثر واقع نشد، آقای فلسفی پیشنهاد کرد که در رمضان 1334 که سخنرانی وی از رادیو به‌طور مستقیم پخش می‌شود، دست به یک تبلیغ علیه بهائیت زده شود. آیت‌اللّه بروجردی این پیشنهاد را پسندیدند و اضافه کردند بهتر است این مسئله به شاه گفته شود که «بعداً مستمسک به دست او نیاید که کارشکنی بکند و پخش سخنرانی از رادیو قطع گردد، زیرا این مطلب برای مسلمانان خیلی گران خواهد بود و باعث تجری هر چه بیشتر بهائی‌ها می‌شود». آقای فلسفی با شاه ملاقات کرد و نظر آیت‌اللّه بروجردی را به شاه اطلاع داد. شاه در پاسخ گفت: «بروید بگویید». آقای فلسفی موضوع را به وعاظ تهران نیز ابلاغ کرد که در ماه رمضان همه‌ی مساجد علیه بهائیان دست به تبلیغ بزنند.(12)
ماه رمضان فرارسید. به گزارش هفته‌نامه‌ی ترقی «امسال از آغاز ماه مبارک رمضان که ماه عبادت و اجتماع مسلمین در مساجد و تکایا و استماع وعظ و خطابه‌ی روحانیون و وعاظ است،موضوع مبارزه با بهائی‌ها و خطر فرقه‌ی بهائی در رأس کلیه‌ی مطالب مورد بحث اکثر آقایان وعاظ و روحانیون قرار گرفت و هماهنگی روحانیون در مبارزه علیه بهائی‌ها و مخصوصاً اظهارات شدید آقای فلسفی واعظ شهیر که مستقیماً از رادیو تهران پخش می‌شد کم‌کم به طوری افکار و اذهان عمومی را به خود جلب کرد که موضوع خطر بهائی‌ها و مبارزه علیه آنان یک هفته بعد از آغاز ماه مبارک رمضان کلیه‌ی مسائل سیاسی و وقایع جاری کشور را تحت‌الشعاع خود قرار داد».(13)
آقای فلسفی و سایر وعاظ در این سخنرانی‌ها مردم را دعوت به آرامش کرده و می‌گفتند:«اظهار این مطالب برای هوشیاری دولت (است) و از طریق قانونی و رسمی برای بستن مراکز بهائی‌ها و جلوگیری از فعالیت‌های آنان اقدام خواهد شد». همچنین، حضرت آیت‌اللّه بروجردی طی مصاحبه‌ای در قم اظهار داشتند که «باید در جریان مبارزه علیه فرقه‌ی ضاله‌ی بهائی نظم و آرامش در سراسر کشور برقرار باشد.»(14) با همه‌ی این سفارش‌ها مردم که از جسارت‌ها و خصومت‌های بهائی‌ها به تنگ آمده بودند، فرصت را مغتنم شمردند و بسیاری ازمحافل بهائیان را در شهرها تخریب کردند و در تهران نیز مرکز بهائیان را به‌نام حظیره‌القدس تصرف کردند.
شاه و دولت که عکس‌العمل مردم را پیش‌بینی نکرده بودند، ابتدا سعی کردند تا هدایت مبارزات مردمی را خود در دست بگیرند؛ لذا فرمانداری نظامی، حظیره‌القدس را تصرف کرد و طی اطلاعیه‌ای اعلام کرد:
«چون تظاهرات و تبلیغات فرقه‌ی بهائی موجب تحریک احساسات عمومی شده است، لذا به منظور حفظ نظم و انتظامات عمومی، دستور داده شد قوای انتظامی، مراکز تبلیغات این فرقه را که حظیره‌القدس نامیده می‌شود اشغال نمایند که از هرگونه پیشامدهای احتمالی جلوگیری شود. اینک فرمانداری نظامی شهرستان تهران از همه‌ی هم‌میهنان عزیز انتظار دارد در این مورد نیز مراعات نظم عمومی را نموده و از هرگونه تظاهرات و حرکات خودسرانه که مخل انتظامات عمومی است، جداً بپرهیزند و یقین داشته باشند که دولت در اجرای منویات اعلیحضرت همایونی شاهنشاهی به احساسات و تمایلات مردم توجه داشته و همواره در اندیشه‌ی آسایش و برآوردن نیازمندی‌ها عمومی است».(15)
به‌دنبال بسته شدن حظیره‌القدس و شدت یافتن مبارزات روحانیت علیه بهائیان، سیل طومارها و تلگرافات در حمایت از مبارزات سرازیر شد. طبق اعلام آقای فلسفی در مصاحبه با مطبوعات «تقریباً روزی دویست نامه و تلگراف به من می‌رسد و چهار ساعت وقت من صرف مطالعه‌ی آنها می‌شود... و قریب همین تعداد در روز جواب تلفن می‌دهم. خبرنگار پرسید آیا این‌نامه‌ها و تلگراف‌ها و تلفن‌ها همه تأیید است؟... جواب دادند بالاتفاق تأیید این امر است». آقای فلسفی برای تأیید ادّعای خود خبرنگاران را به اتاق مجاور برد و طومارهای انباشته شده را به خبرنگاران نشان داد.(16)
آیت‌اللّه آقاسیدعبدالهادی شیرازی از نجف در تأیید مبارزات آیت‌اللّه بروجردی اعلامیه‌ای صادر کرد و آقای فلسفی آن را در منبر قرائت کرده و از رادیو نیز پخش شد. از سرتاسر ایران طومارهایی ارسال کردند که بزرگ‌ترین آنها طوماری بود که از کرمانشاه رسیده بود که 60 70 هزار نفر امضا کرده بودند.(17)
آیت‌اللّه بهبهانی طی تلگرافی به شاه از «بستن کانون فساد دینی و مملکتی... به‌وسیله‌ی ارتش اسلام» تشکر کرد.(18) شاه نیز در پاسخ آیت‌اللّه بهبهانی نوشت: «به طوری که از ما شنیده‌اید همیشه خود را به اجرای مقررات اسلام موظف دانسته و ادامه‌ی این توفیق را از خداوند متعال خواهانیم».
آیت‌اللّه بهبهانی نیز طی تلگرافی به آیت‌اللّه بروجردی، روز تصرف حظیره‌القدس را عید دانست.(19) از سویی دیگر، چند نفر از علمای تهران به حضور شاه رسیدند و از بستن حظیره‌القدس تشکر کردند.(20)
با همه‌ی این تشکرها و تعارفات، نفوذ بهائیان در کنگره‌ی آمریکا موجب شد که شاه را تحت فشار قرار دهند. تصمیم گرفته شد که آقای فلسفی را از ادامه‌ی سخنرانی علیه بهائیان منع نمایند.لذا، سرلشکر علوی مقدم رئیس کل شهربانی و سرتیپ تیمور بختیار فرماندار نظامی تهران، مأمور شدند تا از طرف شاه به آقای فلسفی اخطار کنند که از ادامه‌ی بحث خودداری کند. آقای فلسفی قاطعانه از پذیرفتن نظر شاه خودداری کرد و عمل به یکی از چهار طرح را پیشنهاد کرد:1 قطع پخش سخنرانی از رادیو. 2 دستگیری و زندانی کردن من. 3 اعلام پیام شاه توسط مقدم و بختیار روی منبر. 4 ادامه‌ی سخنرانی به سبک سابق. آن دو این طرح‌ها را نپذیرفتند و گفتند به اعلیحضرت توهین می‌شود. آقای فلسفی در پاسخ گفتند: «اگر بگویم اعلیحضرت گفته‌اند به ایشان اهانت می‌شود؛ اما اگر اسلام و مسلمانان و آیت‌اللّه بروجردی و من مورد اهانت واقع شویم، مانعی ندارد؟ »مذاکره بی‌نتیجه قطع شد و آقای فلسفی تا آخر ماه رمضان به سخنرانی خود علیه بهائیان ادامه دادند.(21)
آقای فلسفی در یکی از سخنرانی‌های خود، پیکان حمله را به طرف شخص شاه روانه ساخت و گفت: «اعلیحضرت! مملکت ما این همه طبیب مسلمان دارد. مردم ناراحت هستند از اینکه دکتر ایادی بهائی طبیب مخصوص شماست. او را عوض کنید».(22)
آیت‌اللّه بروجردی هم که به اقدامات دیپلماتیک خود ادامه می‌دادند، در پیامی به آقای صفایی نماینده‌ی قزوین، که یکی از روحانیون طرفدار آیت‌اللّه کاشانی بود از وی خواستند تا مبارزه علیه بهائیان را قانونی کنند، اما دولت پیش‌دستی کرد و وزیر کشور، علم، بخشنامه‌ای را صادر کرد و برای توضیح در مجلس حاضر شد. او اعلام کرد: «دولت معتقد است که برای جلوگیری از فعالیت‌های مضره این‌گونه دستجات، قوانین کافی در دست است و ما می‌توانیم این‌کار را به نحو احسن انجام دهیم». سیداحمد صفایی، پیام آیت‌اللّه بروجردی را مطرح کرد،عده‌ای از نمایندگان گفتند: «فرقه‌ی بهائی غیرقانونی هست و احتیاج به قانون ندارد».(23)
در بخشنامه‌ی وزیر کشور از یک سو، نامی از فرقه‌ی بهائیان برده نشد و از سویی دیگر، تیغه‌ی دولبه‌ای بود که هم فرقه‌ی بهائی را تهدید می‌کرد و هم روحانیان را به عنوان «تحریک مردم بر ضد امنیت عمومی» و هم مردم را به عنوان «مرتکب» مورد تهدید قرار می‌داد. برخورد دو رویانه‌ی دولت موجب عصبانیت آیت‌اللّه بروجردی شد و از همین جا روابط آیت‌اللّه و رژیم رو به سردی گرایید. بی‌اعتنایی دولت به خواست آیت‌الله، که ادامه‌ی مبارزه با بهائیت بود، نقطه‌ی آغازین رویارویی آیت‌اللّه با رژیم شد. مبارزات یک ماهه‌ی روحانیون تأثیر نسبی خود را گذاشت و بسیاری از محافل بهائیان، در سرتاسر ایران تخریب شد. بسیاری از مسلمانان که با تحریک یا کمک‌های مالی تظاهر به بهائی بودن می‌کردند اعلام توبه نمودند، بهائیان دست از جسارت برداشتند و حالتی نیمه مخفی به خود گرفتند و از تبلیغات آنان نیز کاسته شد.
یکی از آثار آن مبارزه این بود که «در اثر این حرکت تعدادی از بهائی‌ها از ایران رفتند و ایادی نیز به دستور محمدرضا، 9 ماه به ایتالیا رفت.»(24) به هر حال بهائیان که امیدوار بودند که در رأس سده‌ی اول به پیروزی برسند، مواجه با شکستی شدند که دیگر نتوانستند مانند سابق ابراز وجود کنند. موضوع دیگری را که باید از آثار این مبارزه دانست، ایجاد شکاف بین مرجعیت و سلطنت بود.
(1) . پرونده‌ی کلاسه 2909/18523/11/21 دادسرای شاهرود، به نقل از: حجت‌الاسلام آقای حاج شیخ حسین خراسانی، فجایع بهائیت یا واقعه‌ی قتل ابرقو
(2) . همان، ص 21
(3) . همان، بخش آخر
(4) . حجت‌الاسلام محمدحسین ارسنجانی، تاریخ شفاهی انقلاب اسلامی (تاریخ حوزه‌ی علمیه‌ی قم)، ص 165
(5) . حسین فردوست، ظهور و سقوط سلطنت پهلوی، ص 202
(6) . علی دوانی، مفاخر اسلام، ص 367
(7) . حجت‌الاسلام فلسفی، خاطرات و مبارزات، ص 185
(8) . حجت‌الاسلام سیدجوادعلوی، چشم و چراغ مرجعیت، ص 342
(9) . حجت‌الاسلام فلسفی، خاطرات و مبارزات، ص 188
(10) . همان، ص 133
(11) . همان، ص 189
(12) . همان، صص 190 191
(13) . هفته‌نامه‌ی ترقی، سال 1334، شماره‌ی 644
(14) . همان
(15) . روزنامه‌ی اطلاعات، 1334/2/16
(16) . هفته‌نامه‌ی خواندنی‌ها، سال 15، شماره‌ی 69
(17) . حجت‌الاسلام واعظ‌زاده، چشم و چراغ مرجعیت، ص 244
(18) . روزنامه‌ی اطلاعات، 1334/2/18
(19) . همان
(20) . همان، 1334/2/4
(21) . حجت‌الاسلام فلسفی، خاطرات و مبارزات، ص 195
(22) . همان، ص 186
(23) . روزنامه‌ی طلوع، 1334/2/27
متن بخشنامه‌ی وزیر کشور چنین بود: «چون به موجب اصل اول متمم قانون اساسی مذهب رسمی ایران، اسلام و طریق حقه‌ی جعفریه‌ی اثنا عشریه است و به موجب مفهوم اصل 21 قانون اساسی انتشارات ضد دیانت و تشکیل انجمن‌ها و اجتماعاتی که مولد فتنه‌ی دینی و دنیوی و مخل نظم باشند در تمام مملکت ممنوع می‌باشد، لذا در اجرای اصول قانون اساسی اقدام کرده مراکز اجتماعی را که موجب فتنه‌ی دینی و دنیوی و مایه‌ی اختلال امنیت و انتظام می‌باشد، منحل ساخته و در آتیه نیز با کمال جدیت در انجام این وظیفه‌ی مهم که برطبق قانون اساسی به‌عهده دارید اقدام و از هرگونه تظاهر به عمل این‌گونه دسته‌ها که به موجب قانون ممنوع است، جلوگیری نمایند... بدین‌وسیله یادآور می‌شود که هرگاه کسانی به بهانه و عنوان مبارزه با فرقه‌های گمراه کننده به تحریک مردم برضد امنیت عمومی مملکت بپردازند یا خود مرتکب عملی شوند که کوچک‌ترین لطمه‌ای به امنیت عمومی و انتظامات کشور برساند، طبق مقررات قانون مجازات عمومی که برای این‌گونه جرایم پیش‌بینی شده، با کمال قدرت اقدام نمایند».
(24) . مراجعه کنید به: خاطرات آیت‌الله طاهری خرم‌آبادی، صص 69 96
انتهای پیام