در مجلس نهم که طیف بندی ها بر اساس غلظت و شدت اصولگرایی است علی مطهری صدای مخالفی به حساب می آید. او در برخی از پیشامدها آنچنان شجاعانه از مواضع منتقدان دفاع می کند که اصولگرایان چاره‌ای جر تنظیم شکایت از او نمی بینند.
به گزارش ایسنا، ثمینا رستگاری با این مقدمه در ادامه یادداشت خود در شرق نوشت: سال هاست که نطق های مطهری تک مضراب هایی پرطنین در مجلس و فضای سیاسی ایران بوده است. او بعد از اعتراضات سال 88 بیش از هر کسی سعی کرده جانب انصاف را رعایت کند و تا همین امروز هم از ضرورت تعیین تکلیف معترضان براساس قانون دفاع می کند. او در هیات نظارت بر مطبوعات هم حامی قدرتمندی برای روزنامه های منتقد بوده است و قانون اساسی را مطابق نامه‌ای که برای غلامحسین اژه‌ای نوشته «برای اجرا می داند نه تشریفاتی».
از این اقدامات مطهری می توان نوع انسان شناسی او را تشخیص داد و نتیجه گرفت که او انسان را موجودی می داند دارای قدرت عقل و انصاف که تعلق جناحی نباید خرد او را زایل کند. طرفداری از یک جریان نباید او را به اطاعت کورکورانه وادار کند. دولتمردی که او در نامه هایش به مسوولان مختلف توصیف می کند آنقدر بر نفسش تسلط دارد که قدرت، فاسدش نمی کند.
پول آلوده اش نمی کند و همواره می تواند در مقابل وسوسه تن دادن به ظلم و تن آسایی، سختی و مقاومت را برگزیند.
حالا علی مطهری با چنین ویژگی هایی نامه‌ای به محمدباقر قالیباف نوشته و از اقدام او برای جداسازی جنسیتی در شهرداری ها حمایت کرده است. او در این نامه دلیل دفاعش از اقدام قالیباف را به ذات سرکش غریزه جنسی در انسان ها حواله می دهد و می نویسد «خالق ما انسان ها که به سرکشی غریزه جنسی خوب توجه دارد و خواهان نیل انسان ها به سعادت خودشان است و ما را از خودمان بهتر می شناسد، دستور داده است که حتی المقدور از اختلاط بپرهیزید و اگر به زعم مخالفان، با این حکم کرامت انسانی ما انسان ها مخدوش و به ما توهین شده است، ریشه این امر را باید در خلقت خود و حکمت خالق جست وجو کرد.»
در این نوشته نمی خواهیم درباره چرایی جداسازی جنسیتی در شهرداری سوالی کنیم و به احتمال مربوط بودن غوغای حاصله از آن با مشکلات مالی که متوجه شهرداری شده اشاره ای کنیم یا بپرسیم چگونه آقای قالیبافی که در مناظرات انتخاباتی مهم ترین اشکالش به روحانی این بود که وقتی در مصدر امور بوده به آزادی توجهی نداشته به یکباره بعد از 35 سال از انقلاب و 9 سال از شهردار شدنش به فکر تفکیک نامحرمان از هم افتاده، سوال ما اینجا فقط از علی مطهری است و آن اینکه این انسان ضعیف النفس مغلوب غرایز سرکشی که در این نامه توصیف می کند چه ارتباطی با آن انسان حق طلبی که سال ها در دفاعش نامه نگاری کرده دارد؟
اگر آدمی آنقدر ضعیف است که با دیدن همکارش در یک اتاق، نهاد خانواده اش سست می شود چگونه می تواند قدرت داشته باشد و سرکوب نکند: پول ببیند و اختلاس نکند: تریبون داشته باشد و تهمت نزند؟ این انسانی که عنان نفسش در دست غریزه اش است چرا باید بتواند در اتاق آقای مطهری شبانه دستگاه شنود بگذارد و چنین نکند؟ شاید این تناقض معرفتی است که موجب سردرگمی نیروهای سیاسی در تعیین تکلیف با مطهری می شود.
علی مطهری در نامه اش به قالیباف به جمله ای از پدر اشاره می کنند «شهید آیت الله مطهری در کتاب «مساله حجاب» می گوید (نقل به مضمون) وقتی دقت می کنیم می بینیم بیشتر، این مردان شکارچی هستند که از آزادی زن به معنی اختلاط و بی بند و باری او دفاع می کنند، چون می بینند اگر اصول عفاف رعایت شود دیگر نمی توانند از زنان مختلف با هزینه ناچیز کام برگیرند.» باز سوالی که در ذهن خواننده این نامه به وجود می آید این است که اختلاط و بی بندو باری که شهید مطهری در زمانه پهلوی بدان اشاره کرده اند چه ارتباطی به ادارات حال حاضر دارد که زنان همه از پوشش اسلامی استفاده می کنند؟ آیا در ادارات ایران در نظام جمهوری اسلامی اصول عفاف رعایت نمی شود؟ و اساسا به کاربردن کلمات «مردان شکارچی»، «اختلاط و بی بند و باری زنان»، «کام گرفتن با هزینه ناچیز» چهار دهه بعد از انقلابی که زمینه تحصیل زنان و حضور آنها در جامعه را چند برابر کرد کلمات مناسبی هستند؟
ایشان خاطره‌ای گفتند ما هم یادداشت را با خاطره ای پایان می دهیم.
صادق طباطبایی در گفت وگویی خاطره‌ای از امام نقل می کند و می گوید: «در همان سال های اول انقلاب: شبی در حضور امام خمینی بودیم که از دفتر آمدند و پیامی را از طرف یکی از مراجع وقت آوردند. مرجع مذکور گفته بود: همین فیلمی که در حال حاضر از تلویزیون پخش می شود: من پیرمرد را تحریک می کند: چه رسد به جوانان را. به دستور امام تلویزیون را روشن کردند: قسمتی از یک سریال بود به نام پاییز صحرا. امام با مشاهده آن فیلم: در پاسخ پیام چنین گفتند: شما باید در تقویت نفس خود بکوشید تا به این آسانی تحریک نشوید. من در این فیلم نشانه هایی از خلاف عفت یا عوامل انحراف و تحریک نمی بینم.»
شاید بهتر بود آقای مطهری عادل و منصف هم به تاسی از بنیانگذار انقلاب به آقای قالیباف می نوشتند که لازم است کارکنان مرد شهرداری در تقویت نفس خود بکوشند من در حجاب زنان ادارات نشانه هایی از خلاف عفت و عوامل انحراف و تحریک نمی بینم.