مقام معظم رهبري در پيام تسليت درگذشت استاد شهيدي تصريح كردند: ايشان اديبي فرزانه، مورخي ژرف‌نگر، انساني والا و در شمار مفاخر علمي اين زمان بودند
حضرت آيت‌الله خامنه‌اي رهبر معظم انقلاب اسلامي در پيامي درگذشت علامه‌ي بزرگوار مرحوم آقاي دكتر سيد جعفر شهيدي را تسليت گفتند. به گزارش گروه دريافت خبر خبرگزاري دانشجويان ايران (ايسنا) متن پيام به اين شرح است: « بسم الله الرحمن الرحيم درگذشت علامه‌ي بزرگوار مرحوم آقاي دكتر سيد جعفر شهيدي رحمت‌الله عليه را به خاندان گرامي و بازماندگان و به شاگردان و ارادتمندان ايشان و به جامعه‌ي علمي و دانشگاهي كشور تسليت مي‌گويم. ايشان اديبي فرزانه و مورخي ژرف‌نگر و انساني والا و با كرامت و در شمار مفاخر علمي اين زمان بودند و آثار قلمي با ارزش و ماندگاري از خود به جاي گذاشتند. خداوند متعال اين مرد مومن صادق را مشمول رحمت واسعه‌ي خود گرداند و با اجداد طاهرينش محشور فرمايد. سيد علي خامنه‌اي 25/دي/1386» انتهاي پيام