«تالاب گاوخونی» همیشه نقش بسیار مهمی در اکوسیستم فلات مرکزی ایران ایفا می‌کرده است، این تالاب مقصد نهایی زاینده‌رود و زیستگاه دائم و موقت بیش از ۱۰۰ گونه گیاهی و جانوری بوده، اما در سال‌های اخیر، با قطع جریان دائمی زاینده‌رود، به مرور زمان کم آب شده و اخیراً در معرض خشکی کامل قرار گرفته است.
نزدیک به ۲ دهه است که حقابه کامل و قانونی تالاب گاوخونی از رودخانه زاینده‌رود تأمین نشده و تبعات محیط زیستی این بی‌قانونی، احتمالاً به زودی در قالب ریزگرد و فرونشست، از بین رفتن گونه‌های گیاهی و جانوری و شیوع بیماری گریبان شهرستان‌های اطراف این تالاب را خواهد گرفت. این تالاب از سال ۱۳۵۴، جزو فهرست کنوانسیون بین‌المللی تالاب و مورد توجه جامعه جهانی بوده است و حالا خشک شدن ۹۹ درصد مساحت آن، احتمال حذف گاوخونی از این کنوانسیون را دربر دارد.