سیستم آنالیز کمی و فیلوژنتیکی داده‌های متاژنوم (QIIME) توسط متخصصان مرکز ملی ذخایر ژنتیکی و زیستی ایران راه‌اندازی شد.

به گزارش سرویس علمی ایسنا، دکتر سید ابوالحسن شاهزاده فاضلی، رییس مرکز در خصوص راه‌اندازی این تکنیک گفت: به منظور شناسایی ترکیب جامعه میکروبی تعداد زیادی از روش‌های بیوشیمیایی و مولکولی به کار برده می‌شود. روش‌های بررسی اکولوژی میکروبی به دو دسته روش‌های وابسته به کشت و روش‌های مستقل از کشت تقسیم می‌شوند. محدودیت عمده تکنیکهای وابسته به کشت این است که بیش از 99 درصد میکروارگانیسم‌های موجود در هر محیط و قابل مشاهده توسط میکروسکوپ توسط تکنیکهای استاندارد کشت، قابل کشت نیستند. بنابراین بخش عظیمی از اجتماع میکروبی موجود در طبیعت قابل کشت در آزمایشگاه نیست و در نتیجه منبع اولیه اطلاعات برای این میکروارگانیسم‌های غیر قابل کشت اما زنده، بیومولکول‌های آنها مانند اسیدهای نوکلئیک، لیپید و پروتئین‌های آنها است.

وی خاطرنشان کرد: تکنیکهای بررسی مولکولی به منظور بررسی فیلوژنتیکی و تنوع متابولیکی میکروارگانیسم‌ها متاژنومیکس (Metagenomics) است. مفهوم متاژنومیکس که بر پایه استفاده از تکنولوژی و تکنیکهای نسل جدید توالی یابی استوار است، یکی از روش‌های بررسی کل اجتماع میکروبی است. متاژنومیکس به توالی یابی و آنالیز DNA استخراج شده به طور مستقیم از نمونه‌های محیطی بدون نیاز به کشت ارگانیسم‌های موجود در نمونه گفته می‌شود.

فاضلی اظهار کرد: تحقیقات متاژنومیک را می‌توان در مورد محیط های مختلفی مانند خاک، فیلوسفر، بستر اقیانوس، آبهای دریاها و چشمه‌ها، معادن اسیدی، نواحی بسیار شور، نواحی بسیار داغ، بدن موجودات زنده و انواع محیط‌های حاوی جوامع میکروبی به کار برد و از نتایج آن در تهیه تنوع فیلوژنتیکی و تنوع متابولیکی و برای فهم نقش بیوشیمیایی میکروارگانیسم‌های غیر قابل کشت و برهمکنش آنها با دیگر فاکتورهای زیستی و غیر زیستی حیات استفاده کرد.

وی تصریح کرد: تحقیقات متاژنومیکس علاوه بر استفاده از جدیدترین تکنولوژی‌های توالی یابی برای حصول اطلاعات ژنتیکی خام نیازمند دقیق‌ترین و جدیدترین روش‌های آنالیز بیوانفورماتیکی برای فرآوری و پالایش اطلاعات بسیار انبوه جوامع میکروبی نیز است.

فاضلی افزود: مرکز ملی ذخایر ژنتیکی و زیستی ایران که رسالت خود را جمع آوری، شناسایی، حفظ و ذخیره و ارائه ذخایر ژنتیکی و زیستی می‌داند، پس از انجام موفقیت آمیز اولین پروژه توالی یابی کامل ژنوم‌های میکروارگانیسم‌های بومی ایران با در اولویت قرار دادن تحقیقات مبتنی بر متاژنومیکس و آنالیز متاژنومی محیط‌های مختلف میکروبی گام بلند دیگری را در جهت نیل به شناسایی و حفظ و بهره برداری از ذخایر ژنتیکی میکروبی ارزشمند این مرز و بوم برداشته است.

وی تصریح کرد: در این راستا مرکز ذخایر ژنتیکی و زیستی ایران موفق به استقرار و راه‌اندازی سیستم آنالیز کمی و فیلوژنتیکی داده‌های متاژنوم (QIIME) در کشور شده است. سیستم آنالیز QIIME که در سال 2010 و با چاپ در نشریه معتبر Nature methods به محققان و دانشمندان عرصه متاژنومیکس و ژنومیکس میکربی معرفی شد، با داشتن تعداد ارجاعات (Citation) فراوان از مقالات و تحقیقات معتبر و گوناگون به عنوان جدیدترین و معتبرترین روش آنالیز کمی جوامع میکروبی شناخته شده است. با استفاده از این روش می‌توان به درستی به تنوع میکروبی موجود در هر محیط دست یافت و سطوح مختلف تنوع ژنتیکی آلفا و بتا را در چندین جامعه میکروبی به طور همزمان و مقایسه‌ای مورد مطالعه قرار داد. راه‌اندازی این روش علاوه بر این که راهگشای بررسی‌های متاژنومی مناطق مختلف در مرکز است، به عنوان یک خدمت بسیار تخصصی قابل ارائه به متقاضیان و محققان داخلی و خارجی است.

انتهای پیام